O local foi escolhido no lugar do porto de Belém, mais próximo, devido à profundidade natural da baía de São Marcos, de mais de 26m durante a maré baixa, que permitiria minimizar os custos com dragagem para a atracação de navios graneleiros de grande porte; Ponta da Madeira constitui, com o Europoort de Roterdã (local de destino de boa parte dos navios carregados no Terminal), o único conjunto de portos capaz de lidar com navios de 23m de calado, se não contarmos os terminais petroleiros de alto mar (capazes de lidar com navios de até 30m de calado; o maior existente no mundo em janeiro de 2006 é um superpetroleiro de 24.6m).

A vantagem oferecida pela profundidade natural da baía quase foi contrabalançada pela amplitude da maré, que gera fortes correntes e chegou a pôr a pique um navio, pouco antes da estreia do cargueiro gigante Berge Stahl, encomendado especificamente para fazer a rota Ponta da Madeira-Roterdã. Blocos de concreto, denominados molhes, foram colocados em posições estratégicas logrando abater e direcionar as correntes.