A sua música foi muito influenciada pelo
punk e
surf rock, e embora fosse bastante melódica, também era capaz de conter material mais pesado. Francis era o principal
compositor e vocalista do grupo. Geralmente escrevia letras enigmáticas sobre temas pouco comuns, como
OVNIs e o
surrealismo. Referências a instabilidade mental, imagens
bíblicas violentas, violência física e
incesto são feitas em diversas músicas.
Os Pixies são frequentemente catalogados de pioneiros do rock alternativo do início dos
anos 90. O fã assumido da banda,
Kurt Cobain, declarou certa vez que tudo que ele queria é ter uma banda que pudesse soar como os Pixies e tendo consciência de sua importância para a carreira dos
Nirvana garantiu, juntamente com o tributo de outras bandas, que o legado e influência dos Pixies continuasse a crescer após o seu desmembramento.