Die Phylogeographie analysiert und beschreibt die phylogenetische und geographische Herkunft einzelner genetischer Linien eines Taxons (Gruppe von Lebewesen). Sie ist ein Forschungsgebiet an der Schnittstelle von Biogeographie, Populationsgenetik und Phylogenetik und verbindet diese Disziplinen über den methodischen Ansatz der molekularen Ökologie. Die Phylogeographie kann auch als ein Teilgebiet der Populationsbiologie bezeichnet werden. Sie hat fundierte Erkenntnisse zur Evolutionsbiologie zahlreicher Arten, einschließlich des Menschen hervorgebracht und kann auch Brücken schlagen zwischen Erkenntnissen der Paläontologie und der molekulargenetisch basierten Biologie.