Ein
phylogenetischer Baum ist ein
Baum, der die
evolutionären Beziehungen zwischen verschiedenen
Arten oder anderen Einheiten, von denen man vermutet, dass sie einen gemeinsamen Vorfahren besitzen, darstellt. Damit ist ein
phylogenetischer Baum eine Form des
Kladogramms. In einem phylogenetischen Baum repräsentiert jeder
Knoten mit Vorfahren den
nächsten gemeinsamen Verwandten dieser Vorfahren. Die Kantenlänge entspricht meist der geschätzten Zeit, in der sich die Arten separiert haben, oder der Anzahl der
Mutationen während dieser Entwicklung. Jeder Knoten in einem phylogenetischen Baum wird als
taxonomische Einheit bezeichnet, wobei man innere Knoten oft als
hypothetische taxonomische Einheiten bezeichnet, wenn die entsprechenden Arten oder Einheiten nicht beobachtet werden können.