Consta que a dificuldade de Isabel em conseguir engravidar a levou a Caxambu, na província de Minas Gerais, onde submeteu-se a um tratamento com as águas minerais daquela cidade. Em contato com religiosos, a princesa imperial fez a promessa de levantar um santuário no local caso conseguisse conceber um filho. Foi o que aconteceu, e até hoje existe na cidade a Igreja de Santa Isabel da Hungria, erguida por esta razão.

Segundo Victor Villon: "A gravidez foi cheia de cuidados, o parto muito difícil e, no meio da aflição de todos, o Dr. Depaul, médico francês que viera especialmente para a ocasião, distorceu o braço da criança. Esse acidente deixaria seqüelas; Dom Pedro d´Alcântara ficaria com braço atrofiado para o resto da vida."