A função institucional do Parlamento do Mercosul é legislar sobre matéria de interesse comum à integração regional, o processo de aprovação das decisões ocorre em plenário, que é a instância essencial da capacidade decisória. As decisões são aprovadas por maioria simples, com exceção dos relatórios sobre direitos humanos e da reforma do regimento, que são aprovados por maioria absoluta e maioria qualificada, respectivamente. O quórum para o início da sessão do Parlamento e das reuniões das comissões é de um terço de seus membros, no qual estejam representados todos os Estados Partes.

As decisões do órgão não são vinculantes, o que significa que não há a internalização direta das normas aprovadas pelo Parlamento do Mercosul, ou seja, estas serão encaminhadas a cada congresso nacional para a aprovação em tal instância, a qual se obriga a recebê-las e apreciá-las para finalmente aprovar lei comum a todos os países membros. O funcionamento e a organização do Parlamento do Mercosul estão definidos de acordo com seu Regimento Interno.