O
Papa Alexandre II (
Anselmo de Baggio) foi eleito em
30 de setembro de
1061. Foi um papa reformista que apoiou a libertação das terras cristãs do domínio sarraceno e o duque
Guilherme da Normandia contra
Haroldo II de Inglaterra na
Batalha de Hastings em
1066. A corte alemã não foi consultada sobre sua eleição e, com o apoio da aristocracia romana nomeou em uma assembleia realizada em
Basileia o
antipapa Honório II. Este derrotou as forças armadas de Alexandre em abril de 1062 e instalou-se em Roma. Com a chegada das forças do
Duque de Lorena os dois pretendentes ao trono papal foram obrigados a retirar-se para suas dioceses originais, onde aguardariam o veredicto.
Após o veredito ser dado a favor de Alexandre, em maio de 1063, Honório II excomunga o Papa. Em 1070 Alexandre II ataca os bispos germânicos, por suspeitar de simonia, obrigando o Bispo de Constança a renunciar. Em 1071,
Henrique impõe seu candidato como
Bispo de Milão, contrariando Alexandre, que apoiava outro candidato e obrigando o Papa a excomungar cinco de seus conselheiros por
simonia.