Agapito era figlio di un certo Gordiano, un presbitero romano che era stato ucciso durante i disordini occorsi ai giorni di papa Simmaco nel settembre 502 e che, secondo alcuni genealogisti, era figlio di papa Felice III: Agapito sarebbe dunque un rappresentante della Gens Anicia e dal fratello Palatino discenderebbe in linea diretta papa Gregorio I. Inoltre, è il primo Papa non nato all'interno dell'Impero romano, sia d'Occidente o d'Oriente, bensì nel Regno di Odoacre.