A maioria destes organismos medem por volta de 50 µm e têm um único núcleo associado a quatro flagelos. Os seus corpos basais originam vários grupos de microtúbulos que formam um orgânulo denominado axostilo, o qual possui uma estrutura diferente da dos axostilos de Parabasalia. Uma fibra associada denominada preaxostilo separa os flagelos em dois pares. Alguns Oxymonadida têm múltiplos núcleos, flagelos e axostilos.

O flagelado de vida livre Trimastix está estreitamente relacionado com o Oxymonadida. Carece de mitocondrias e tem quatro flagelos separados por um preaxostilo, no entanto, ao contrário do Oxymonadida possui um suco de alimentação. Esta característica coloca a Oxymonadida e a Trimastix entre os Excavata e, mais concretamente, nos Metamonada.