Müller fu l'autore di
Zoologiae Danicae Prodromus (1776). Quest'opera è stato il primo studio sulla
fauna della
Norvegia e della
Danimarca, ed è riuscita a classificare oltre tremila specie locali. Egli fu uno dei primi a studiare i
microrganismi e a stabilire la classificazione di diversi gruppi di animali.