Die Begriffe Ontogenese oder Ontogenie (von ; Kompositum aus , „das Seiende“ und génesis, „Geburt“, „Entstehung“) gehen auf Ernst Haeckel (1866) zurück. Hierunter wird die Entwicklung eines Einzelwesens bzw. eines einzelnen Organismus verstanden im Gegensatz zur Stammesentwicklung (Phylogenese). Der zeitliche Verlauf der Individualentwicklung wird auch Entwicklungsgeschichte genannt. Diese beschreibt die einzelnen Stadien der Entwicklung beginnend mit der Keimesentwicklung bis zum voll entwickelten Lebewesen im adulten Stadium und schließt auch die Stadien der altersbedingten Rückbildung mit ein. Ernst Haeckel hatte sich bereits einige Jahre vor dem Erscheinen seines Buches mit der Lehre Darwins befasst und nimmt sie in sein Werk mit auf.