Onorio era il figlio dell'imperatore Teodosio I e di Elia Flaccilla; aveva un fratello maggiore, Arcadio, e una sorella morta in giovane età, Pulcheria Teodosia. Il padre lo onorò del titolo di nobilissimus puer e gli conferì il consolato per l'anno 386, quando Onorio aveva due anni. Raggiunse il padre a Roma (389), poi tornò a Costantinopoli (391).