Nukleoproteine sind Proteine, die an Nukleinsäuren (DNA oder RNA) binden. Klassische Beispiele für Nukleoproteine sind die DNA-bindenden Proteine wie die Histone, die Protamine, aber auch die Ribonucleoproteine (z. B. das Ribosom, der RNA-induced silencing complex oder die Telomerase) oder das Nukleoprotein (NP) des Influenzavirus. Die Nukleoproteine besitzen an den Bindungsstellen für die Phosphatgruppen der Nukleinsäuren oftmals basische Aminosäuren zum Ladungsausgleich und zur Komplexierung oder saure Aminosäuren, die den Cofaktor Mg²⁺ binden können. Über das Mg²⁺ können die Phosphatgruppen der DNA indirekt gebunden werden.