Principe di Mendes, nel Delta, giunse al potere dopo aver esautorato, imprigionato a Menfi e - con ogni probabilità - fatto uccidere il suo predecessore Amirteo, nell'autunno del 399 a.C.; questi avvenimenti sono riportati in un documento aramaico (Papiro Brooklyn 13). Una volta sul trono, Nepherites I stabilì la propria capitale a Mendes, fondando la XXIX dinastia egizia ed assumendo una titolatura reale che richiamava quella dei grandi sovrani della XXVI dinastia.