O museu surgiu como fruto da mobilização de uma associação de moradores do bairro, visando impedir a construção de um shopping center no local. O terreno foi cedido em regime de comodato pela prefeitura de São Paulo à Sociedade de Amigos dos Museus (SAM), mantenedora da instituição, por um período de 99 anos. Em 2007, esteve no centro de uma disputa judicial envolvendo a prefeitura e a SAM, acusada de uso indevido do espaço.