È detta monofilia la proprietà di un insieme di specie di essere tutte e sole le discendenti di un comune antenato. Un gruppo con tale proprietà è detto monofiletico o clade. Un gruppo monofiletico è caratterizzato da una o più autapomorfie che lo contraddistinguono, ed è quantomai importante evidenziare come spesso tali autoapomorfie possono anche esser perse nello stadio adulto, ma comunque mantenute a livello embrionale, spesso in seguito a processi di pedogenesi. Le ramificazioni esterne vengono dette di outgroup. Esempi possono essere il clade Vertebrata, il genere Homo o anche il genere Canis, mentre sicuramente non possono esser definiti monofiletici raggruppamenti come gli Agnatha. Per determinare la monofilia di un gruppo si utilizzano varie metodologie di caratterizzazione filogenetica, da quelle molecolari utilizzando diversi marcatori genetici a quelle classiche morfologiche secondo il "Criterio della massima parsimonia".