Quando eleito, recebeu o apoio de mulheres e jovens, em razão de sua plataforma liberalizante e reformista. Internamente, defendeu a liberdade de expressão, a tolerância - tendo em conta particularmente as demandas das mulheres e dos jovens do Irã - e o fortalecimento da sociedade civil; e, externamente, mostrou-se favorável a manter relações diplomáticas "construtivas" com os demais estados da Ásia e com a União Europeia, com abertura aos investimentos estrangeiros. Khatami foi eleito com quase 70 os votos.

Em fevereiro de 2009, Khatami anunciou que concorreria às eleições presidenciais de 2009. Em 16 de março, renunciou à candidatura em favor de seu amigo e conselheiro, o ex-Primeiro-Ministro Mir Hussein Mussavi.