O Ministério da Defesa, como um dos ministérios que formam o gabinete, é obrigado pelo artigo 66 da constituição japonesa a ser completamente subordinado à autoridade civil. Seu chefe, o Ministro da Defesa, é auxiliado por um vice-ministro sênior, dois secretários parlamentares, um vice-ministro administrativo, oito diretores-gerais, o chefe do estado-maior geral e os três chefes do estado-maior dos ramos.

A figura que ocupa o cargo mais alto na estrutura de comando é o primeiro-ministro, responsável direto pela Dieta. Numa emergência nacional, o primeiro-ministro tem autorização para colocar em ação os diverso componentes das Forças de Autodefesa, caso conte com o consentimento da Dieta. Em períodos de emergências extremas, esta aprovação pode até mesmo ser obtida após o fato ter ocorrido.