Gondry nasce a Versailles, Francia, e ben presto si appassiona alla musica pop. Si trasferisce a Parigi ed inizia la sua carriera di musicista nel gruppo francese Oui Oui, come batterista. Il gruppo realizza due album e diversi singoli, e Gondry realizza i relativi videoclip promozionali, fino al 1992, anno dello scioglimento della band. Uno dei video diretti dal regista passa su MTV e viene notato da Björk, che gli chiede di dirigere il video di Human Behaviour.