Der Begriff Metabolom wurde in Analogie zu den Begriffen Genom, Transkriptom und Proteom geprägt und entsprechend benannt. Das Wort leitet sich von Metabolismus (= Stoffwechsel) ab. Gelegentlich wird auch die Bezeichnung Metabonom verwendet, besonders im Zusammenhang mit der Toxizitätsbeurteilung von Wirkstoffen. Über die genauen Unterschiede zwischen Metabolom und Metabonom wird rege diskutiert.