Massimiliano d'Asburgo nacque nel castello imperiale della città di Wiener Neustadt, figlio di Federico III e di sua moglie Eleonora d'Aviz. I due imperiali consorti, che si amavano molto, contavano particolarmente sulle capacità del loro unico figlio maschio sopravvissuto che decisero di chiamare Massimiliano, in onore di un santo balcanico. Federico ed Eleonora avevano avuto un figlio prima di Massimiliano, Cristoforo, e ne ebbero uno dopo, Giovanni, entrambi morti in tenera età.