O número de mortos no massacre não pode ser estimado com precisão porque a maioria dos registros militares japoneses sobre os assassinatos foram deliberadamente destruídos ou mantidos em segredo logo após a rendição do Japão, em 1945. O Tribunal Militar Internacional para o Extremo Oriente estimou, em 1948, que mais de 200 mil chineses foram mortos no incidente. A estimativa oficial da China é de mais de 300 mil mortos, com base na avaliação do Tribunal de Crimes de Guerra de Nanquim em 1947. O número de mortos tem sido ativamente contestado entre os estudiosos desde a década de 1980, com estimativas que variam de 40 mil a mais de 300 mil seres humanos mortos.

O evento continua a ser uma questão política controversa, já que vários dos seus aspectos foram contestados por alguns revisionistas históricos e japoneses nacionalistas, que alegam que o massacre foi exagerada ou totalmente fabricado para fins de propaganda. Como resultado dos esforços nacionalistas para negar ou racionalizar os crimes de guerra, a controvérsia em torno do massacre continua a ser um obstáculo nas relações sino-japonesas, bem como nas relações japonesas com outras nações da Ásia-Pacífico, como Coreia do Sul e do Filipinas.