Em 2002, ainda acionista, Miyamoto foi um dos articuladores do processo de fusão da Square com a Enix, que ele considerava essencial para a solidificação dos interesses da Square. Quando a fusão foi concluída, 81 ações da Square resultaram em uma única ação da Enix. Como resultado da fusão, muitos jogos da Square perderam qualidade com a união das empresas.