Maria Giacomina era figlia del margravio Filippo I di Baden (1479–1533) e della contessa palatina Elisabetta di Wittelsbach-Palatinato (1483–1522), figlia dell'elettore palatino Filippo del Palatinato e di Margherita di Baviera-Landshut. Suoi nonni paterni erano il margravio Cristoforo I di Baden e la contessa Ottilia von Katzenelnbogen.