Manuele era figlio ottavogenito del duca di Beja e Viseu, Ferdinando d'Aviz e della di lui moglie Beatrice d'Aviz.
Manuele era inoltre fratello cadetto di Diego I di Viseu, suo predecessore come duca di Beja e Viseu e di Eleonora di Viseu, futura regina consorte del Portogallo.