La mésologie se veut être une science des milieux, qui étudie de manière interdisciplinaire et transdisciplinaire la relation des êtres vivants en général, ou des êtres humains en particulier, avec leur environnement. Suivant le sens qu’on donne à « milieu », deux définitions de la mésologie sont possibles :

• Dans un premier sens, le plus ancien, « milieu » est synonyme d’« environnement », c’est-à-dire le donné environnemental objectif et universel qui fait aujourd’hui l’objet de l’écologie (en tant que science de la nature). La première édition du Petit Larousse (1906) pouvait ainsi définir la mésologie comme « partie de la biologie qui étudie les rapports des milieux et des organismes ».
• Dans un second sens, apparu sous l’influence de la phénoménologie dans les travaux de Jakob von Uexküll et de Tetsurō Watsuji (v. plus bas « Histoire du mot »), le français mésologie est synonyme de l’allemand Umweltlehre et du japonais fûdogaku 風土学. Ici, le milieu (Umwelt, fûdo) n’est pas le donné environnemental objectif (Umgebung, shizen kankyô 自然環境), mais les termes dans lesquels celui-ci existe pour un certain être (individu, société, espèce…). C’est la réalité du monde ambiant propre à cet être, et non à d’autres. Le milieu est donc singulier, tandis que l’environnement est universel. Corrélativement, la mésologie n’est pas l’écologie. Elle a certes, en pratique, de nombreux points communs avec l’écologie politique, mais elle repose sur un parti ontologique qui lui est propre : la distinction entre milieu et environnement, avec les concepts qui en découlent quant au milieu (médiance, trajection…), et qui surmontent le dualisme du paradigme moderne classique.