Longisquama tem sido interpretado de diferentes maneiras por diversos investigadores e é o centro de um grande debate sobre a origem das aves. Para alguns Longisquama é a protoave de sangue frio profetizada por Heilmann no seu hipotético "Proavis" em 1927, e prova que as aves não são dinossauros. Para otros, é um apenas um réptil semelhante a um lagarto deitado sobre fetos.