Komplementation bezeichnet in der Genetik die funktionelle Ergänzung zweier rezessiver Mutationen verschiedener Gene in der Weise, dass sich deren sichtbarer Effekt im Phänotyp aufhebt. Durch Komplementation können genetische Defekte phänotypisch ausgeglichen werden, weil auf Ebene der codierten Proteine Funktionalität hergestellt wird, während die Mutation auf DNA-Ebene (der genetische Defekt) erhalten bleibt. Im Experiment liefert Komplementation eine Aussage über das Verhältnis zweier Genloci zueinander:
Mit Hilfe des sogenannten Komplementationstests, der auch als cis-trans-Test bezeichnet wird, kann versucht werden festzustellen, ob zwei sich ähnelnde mutante Phänotypen durch eine Mutation in demselben Gen verursacht werden oder nicht.