Kefallinia war bis 2010 eine der vier Präfekturen (nomí νομοί) der griechischen Verwaltungsregion Ionische Inseln. Mit der Verwaltungsreform von 2010 wurde die Präfektur aufgelöst und ihre Kompetenzen an die Region Ionische Inseln und die neu zugeteilten Gemeinden übergeben. Seither besteht das Gebiet aus den beiden Gemeinden Kefalonia und Ithaka, die gleichzeitig auch als Regionalbezirke (Ez. gr. periferiaki enotita) geführt werden, die abgesehen von Sitzzuteilungen bei Regionalwahlen jedoch keine politische Bedeutung haben.