Der Jungfernsee ist ein  glazial entstandener Becken- und Rinnensee. Er wird heute von der Havel durchflossen und gehört daher zu den Berlin-Potsdamer Havelgewässern. Er erstreckt sich über 3,52 Kilometer von Südost (Glienicker Brücke) nach Nordwest (Großes Horn) und liegt damit quer zur natürlichen Fließrichtung der Havel in der Havelseenkette. Der größte Teil seiner Wasserfläche ist Potsdamer Stadtgebiet. Nur ein kleines Dreieck vor seinem Südostufer gehört zu Berlin.