Nato a Catton vicino a Norwich in Inghilterra, John Lindley era uno dei quattro figli di Giorgio e Maria Lindley. George Lindley era un vivaista e gestore di un vivaio commerciale, grande esperto in orticoltura ma, l'impresa non è mai stata redditizia e George ha sempre vissuto in uno stato di indebitamento. John ha frequentato la scuola ad indirizzo classico di Norwich. Avrebbe voluto andare all'università o comprare una commissione nell'esercito ma, la famiglia non poteva permetterlo. Divenuto agente di commercio di sementi nel 1815 per un'impresa belga a Londra, Lindley conobbe il botanico William Jackson Hooker che gli permise di usare la sua biblioteca botanica e lo presentò a Sir Joseph Banks che gli offrì lavoro come assistente nel suo erbario. La sua prima pubblicazione nel 1819, un traduzione del Analyse du fruit di Louis Claude Marie Richard è stato seguito nel 1820 da un originale Monographia Rosarum con descrizioni di nuove specie e disegni fatti da lui stesso poi, nel 1821, da Monographia Digitalium e Observations on Pomaceae, entrambi sono stati conferiti alla Linnean Society.