Johann Manuel von Portugal (* 3. Juni 1537 in Évora; † 2. Januar 1554 in Lissabon) wurde als fünfter Sohn von Johann III. von Portugal und dessen Gemahlin Katharina, Erzherzogin von Österreich und Infantin von Kastilien - jüngere Schwester Kaisers Karl V. - geboren. Er war Thronfolger, verstarb aber bevor er den Thron besteigen konnte. Am 7. Dezember 1552 heiratete er die jüngste Tochter Karls V., seine Cousine Johanna, Erzherzogin von Österreich und Infantin von Spanien, die ihm den Sohn Sebastian I. (* 20. Januar 1554; † 4. August 1578) gebar.