Filha mais nova da também atriz Lillian Fontaine, sua irmã mais velha, Olivia de Havilland, tornou-se, tal como a própria Joan se tornaria logo em seguida, uma das mais admiradas estrelas do cinema; ambas são, até os dias de hoje, as únicas irmãs a vencerem um Oscar da Academia de Artes e Ciências Cinematográficas, tendo as duas em 1999 sido nomeadas umas das 500 grandes lendas do cinema americano segundo o American Film Institute.

Por sua contribuição à indústria do cinema, Fontaine possui uma estrela na Calçada da Fama de Hollywood, localizada no número 1645 da Vine Street. Em 26 de maio de 1942 ela deixou o seu autógrafo e a marca de suas mãos e de seus pés na Calçada da Fama, em frente ao Grauman's Chinese Theatre.