Effettuò i suoi studi al "Chicago Theological Seminary", all'università Yale (MA 1891) ed all'università di Berlino (PhD 1894). Fu il primo cittadino americano ad ottenere un PhD in egittologia. Breasted faceva parte dell'avanguardia di archeologi e storici che estesero l'idea di "civiltà occidentale" includendo tutto il Medio Oriente nelle radici culturali europee.