Un Indice d'intégrité écologique (IIE ou IBI pour Index of Biological Integrity pour les anglophones), aussi appelé indice d'intégrité biotique, est un outil scientifique d'évaluation environnementale (outil méthodologique, parfois associé à un outil logiciel et souvent à une cartographie SIG) visant à identifier et hiérarchiser les problèmes de fragmentation écologique à diverses échelles écopaysagères.