Sua construção foi iniciada provavelmente sobre o local da antiga Capela de São Tiago, e foi financiada parcialmente pelos próprios cidadãos, a partir da renda coletada com a venda de indulgências; o primeiro documento relacionado ao edifício, de 1349, assinado pelo arcebispo de Avinhão e por quinze outros bispos, concede a indulgência àqueles que contribuíram com a iluminação e a mobília da Igreja de São Miguel. Foi finalizada entre 1442 e 1447, e sua antiga torre erguida entre 1511 e 1545; a torre presente no edifício atualmente, no entanto, foi construída apenas em 1862.

A igreja foi protestante entre 1545 e 1566, e unitária no período entre 1566 e 1716, ano em que foi reconfiscada pela Igreja Católica durante a Contrarreforma.