Hypokotyl (griech.: hypo = unterhalb und kotyle = Höhlung; engl.: Hypocotyl) ist ein Fachausdruck der Botanik und bezeichnet den untersten Abschnitt der Sprossachse einer Samenpflanze vom Wurzelhals (das ist die Grenzzone zwischen Wurzel und Sprossachse) bis zu den Kotyledonen (Keimblättern).