Unter Heteropyknose (aus dem griechischen hetero = verschiedenartig, anders + pycnos = dicht, kompakt) versteht man in der Zellbiologie ein differenziertes Färbeverhalten von Chromosomen. Der Begriff dient dazu Abschnitte des gefärbten Chromosoms zu unterschieden und stammt daher, dass vermutet wurde, dass die Färbeintensität vom Verpackungsgrad der DNA abhängt. Das Euchromatin wird als „normal gefärbt“ angesehen. Heterochromatin ist entweder stärker gefärbt (positiv heteropyknotisch) oder schwächer gefärbt (negativ heteropyknotisch) als das Euchromatin. Häufig werden die Begriffe „heterochromatisch“ und „heteropyknotisch“ synonymisiert, obwohl ersteres das Heteropyknose aufweisende Chromatin bezeichnet und Letzteres das Färbeverhalten an sich. Heterochromatin kann sein Färbeverhalten auch ändern (isopyknotisch werden), würde aber dennoch Heterochromatin bleiben.