Als Heterochromatin wird verdichtetes Chromatin im Zellkern bezeichnet, das sich gut anfärben lässt. Hier liegt die Desoxyribonukleinsäure (DNA) in stark an Histon- und Nichthiston-Proteine gebundener Form vor. Dadurch bleibt die Erbinformation weitgehend inaktiv. Der Begriff Heterochromatin wird in Abgrenzung zu Euchromatin verwendet, welches leichter zugänglich ist. Heterochromatin wird durch verschiedene Färbetechniken der Lichtmikroskopie (z. B. Feulgenreaktion, Giemsa-Färbung) stärker (positiv heteropyknotisch) als Euchromatin gefärbt. Auch im Transmissionselektronenmikroskop erscheint es wegen seiner starken Elektronenabsorption dunkel.