A guerra foi causada por uma combinação complexa de fatores políticos e religiosos: o fervor nacionalista, crises políticas, sociais e de segurança que se seguiu ao fim da Guerra Fria e a queda do comunismo na antiga Iugoslávia. E também, devido ao envolvimento dos países vizinhos como a Croácia e a Sérvia e Montenegro; houve longa discussão sobre se o conflito foi uma guerra civil ou uma guerra de agressão. A maioria dos bosníacos, croatas, muitos políticos ocidentais e organizações de direitos humanos alegam que a guerra foi uma guerra de agressão com base no Acordo de Karadordevo entre os sérvios e croatas, enquanto os sérvios geralmente consideram que se tratou de uma guerra civil.

Com o início da desintegração da ex-Iugoslávia em 1991 com a independência da Croácia e Eslovênia, os líderes nacionalistas bósnios sérvios como Radovan Karadžic e sérvios como Slobodan Miloševic tinham como objetivo principal fazer com que todos os sérvios - espalhados por todas as repúblicas que formavam a antiga Iugoslávia - vivessem num mesmo país. Em fevereiro de 1992, o povo da Bósnia e Herzegovina decide em referendo pela independência da República Socialista Federativa da Iugoslávia, em uma votação boicotada pelos bósnios sérvios. A seção do Exército Popular Iugoslavo na Bósnia-Herzegovina foi fiel ao referendo realizado no Exército da República da Bósnia e Herzegovina (ARBH), enquanto os sérvios formaram o Exército da Republika Srpska (ERS). No início, os sérvios ocuparam 70% do território da Bósnia-Herzegovina, porém ao unir forças do Conselho de Defesa da Croácia e da Armada da República da Bósnia e Herzegovina a guerra tomou outro rumo e as forças sérvias foram derrotadas na batalha da Bósnia Ocidental. O envolvimento da OTAN em 1995 contra posições do Exército da República Srpska internacionalizou o conflito, mas apenas na sua fase final. A aliança bosníaco-croata ocupou 51% do território da Bósnia-Herzegovina e chegou às portas de Banja Luka. Vendo a sua capital de fato ameaçada, os líderes sérvios assinaram o armistício e a guerra terminou oficialmente com a assinatura do Acordo de Dayton em Paris, em 14 de dezembro de 1995.