Nacque dal conte Palatino Stephan Zápolya e dalla principessa Hedvig di Cieszyn (Slesia). Dopo la morte di Luigi II capeggiò un gruppo di nobili ungheresi che, nel raduno dei nobili di Rákos, sostennero che nessuno straniero poteva ambire al trono d'Ungheria. Il pretendente straniero era l'arciduca d'Austria Ferdinando I d'Asburgo, cognato del defunto re e fratello dell'imperatore Carlo V. Giovanni fu incoronato l'11 novembre 1526 dalla maggior parte dei nobili ungheresi, che ritenevano che il dominio degli Asburgo, da tempo in guerra con i Valois, non gli avrebbe portato nessun aiuto nelle guerre contro gli Ottomani; anzi avrebbe potuto coinvolgerli in uno dei fronti di guerra in occidente. In dicembre Ferdinando fu incoronato a sua volta re di Boemia e l'anno successivo cercò di conquistare l'Ungheria, sconfiggendo Giovanni nella battaglia di Tokaj.