Discendente dal casato di Trastamara, era la figlia terzogenita del re di Sicilia e re della corona d'Aragona e futuro re dell'Alta Navarra, Ferdinando II (unico figlio maschio nato dal duca di Peñafiel, re di Navarra e re della corona d'Aragona, Giovanni II e dalla sua seconda moglie Giovanna Enríquez, figlia dell'ammiraglio di Castiglia, signore di Medina de Rioseco e Conte di Melgar, Federico Enriquez) e della regina di Castiglia e León, Isabella I la Cattolica, figlia del re di Castiglia e León, Giovanni II e di Isabella del Portogallo, figlia di don Giovanni d'Aviz (figlio del re del Portogallo, Giovanni I del Portogallo e di sua moglie, Filippa di Lancaster), e di Isabella di Braganza, figlia del duca di Braganza, Alfonso, e di Beatriz Pereira de Alvim, l'unica figlia di Nuno Álvares Pereira, conestabile del regno e conte di Arraiolos, Barcelos e Ourém.
Fu la madre di Carlo di Gand, futuro imperatore del Sacro Romano Impero col nome di Carlo V. Sua sorella fu Caterina di Aragona, sventurata prima moglie del sovrano inglese Enrico VIII.