Dopo che la sua nomina venne avallata dal Parlamento, che gli promise gli stessi contributi che erano spettati a suo fratello e predecessore, alcuni suoi sudditi cominciarono a diffidare della sua politica religiosa apertamente permissiva nei confronti del cattolicesimo e lo sospettarono di dispotismo, arrivando a deporlo ed a costringerlo all'esilio durante quella che è passata alla storia con il nome di Gloriosa Rivoluzione. Il Parlamento inglese lo dichiarò decaduto l'11 dicembre 1688, quello scozzese l'11 aprile 1689. Suo successore non fu il primogenito maschio Giacomo Francesco Edoardo, cattolico, ma la figlia protestante Maria II, che regnò affiancata dal marito Guglielmo III d'Orange. I due sovrani vennero riconosciuti dal Parlamento e cominciarono a regnare nel 1689.