Gastrulation (von griech. gaster „Magen“) bezeichnet eine Phase der Embryogenese der vielzelligen Tiere, zu denen auch der Mensch gehört. Dabei stülpt sich die Blastula ein und es kommt zur Ausbildung der Keimblätter. Vorausgegangen ist die Ausbildung des Blasenkeimes, die sogenannte Blastulation. Dem britischen Entwicklungsbiologen Lewis Wolpert wird folgendes Zitat über die Gastrulation zugeschrieben:

Die Gastrulation verläuft zwar bei allen vielzelligen Tieren (genauer gesagt bei den Gewebetieren, Eumetazoa) prinzipiell ähnlich, jedoch gibt es sehr deutliche Unterschiede sowohl beim Vorgang selbst als auch beim Ergebnis der Gastrulation. Im Laufe der Evolution haben sich die Vorgänge neuen Erfordernissen angepasst und vom Grundmuster abgewandelt, so dass sich gerade die Gastrulation der Säuger nur dann auf die gemeinsame Urform zurückführen lässt, wenn man die evolutionäre Abstammung von eierlegenden Tieren wie Fischen und Reptilien beachtet und deren Embryologie als Bindeglied betrachtet.