Francisco continuou o seu papel de liderança como um adversário da França nas Guerras Napoleônicas, e sofreu várias mais derrotas depois Austerlitz. O casamento por procuração do estado de sua filha Maria Luísa e Napoleão em 10 de março de 1810 foi, sem dúvida, a sua derrota pessoal mais grave. Após a abdicação de Napoleão depois da Guerra da Sexta Coalizão, a Áustria participou como um dos principais membros da Santa Aliança, no Congresso de Viena, que foi amplamente dominado pelo chanceler Klemens Wenzel von Metternich culminando em um novo mapa Europeu e ao restauração de antigos domínios de Francisco (exceto o Sacro Império Romano que foi dissolvido). Devido ao estabelecimento dos territórios originais da Europa antes das guerras napoleônicas, que em grande parte resistiu a populares nacionalistas e tendências liberais, Francisco passou a ser visto como um reacionário mais tarde em seu reinado.