Dal 1792 al 1796 fu l'ultimo Duca di Milano. Per contrastare l'egemonia dell'imperatore francese Napoleone Bonaparte in Europa e prevenire una perdita di rango, assunse nel 1804 il titolo di imperatore ereditario d'Austria (numerato come Francesco I), ma portò fino al 1806 il titolo di imperatore romano eletto. Nella storia è perciò spesso chiamato Francesco II, per distinguerlo da suo nonno, l'Imperatore romano germanico Francesco I di Lorena.