Originalmente um prodígio do trompete, Flea aprendeu a tocar baixo na escola secundária, com seu amigo íntimo (e futuro guitarrista do Red Hot Chili Peppers) Hillel Slovak, que precisava de um baixista para sua banda Anthym. Flea passou a integrar o grupo, porém abandonou-o alguns meses depois para tocar na banda de punk Fear. Logo juntou-se novamente a Slovak para formar uma banda destinada a apenas uma apresentação, com seus colegas de escola Anthony Kiedis e Jack Irons; a colaboração inesperada acabaria dando origem aos Red Hot Chili Peppers.

Altamente considerado como um dos melhores baixistas de todos os tempos, seu trabalho com a banda incorporou diversos estilos musicais, e abrangem, tecnicamente, desde o slap mais agressivo a métodos mais melódicos. Tem influências do funk e da música punk rock, seu estilo é primordialmente centrado na simplicidade e no minimalismo, não dispensa a complexidade como um recurso a ser utilizado quando necessário. Além dos Chili Peppers, Flea colaborou com diversos outros artistas, incluindo o Jane's Addiction, The Mars Volta e Alanis Morissette e mais recentemente, Rocket Juice and The Moon. Em abril de 2011, a revista Rolling Stone fez uma lista dos 10 melhores baixistas de todos os tempos, com Flea em segundo.