Il padre di Filippo Melantone Georg Schwartzerdt era originario di Heidelberg e a lui era affidata l'armeria del principe. La madre Barbara, figlia del borgomastro di Bretten Johann (Hans) Reuter un commerciante di vino e tessuti, era imparentata con Elisabeth l'unica sorella di Johannes Reuchlin. Filippo Melantone nacque il 16 febbraio 1497 quattro anni dopo le nozze dei genitori nella casa dei nonni a Bretten e gli fu dato nome Filippo in onore del Principe del Palatinato Filippo l'Onesto.