As rainhas de Portugal contaram, desde muito cedo, com os rendimentos de bens adquiridos na sua grande maioria por doação. D. Filipa de Lencastre recebeu de D. João I as rendas da alfândega de Lisboa e das vilas de Alenquer, Sintra, Óbidos, Alvaiázere, Torres Novas e Torres Vedras. A Crónica de el-rei D. João I, de Fernão Lopes, retrata a rainha como generosa e amada pelo povo. Os seus filhos que chegaram à idade adulta seriam lembrados como a ínclita geração, de príncipes cultos e respeitados em toda a Europa. Filipa morreu de peste bubónica nos arredores de Lisboa, poucos dias antes da partida da expedição a Ceuta. Atualmente, a tese mais aceite ressalta que ela faleceu no convento de Odivelas, conforme é possível constatar nos trabalhos de Francisco Benevides, Manuela Santos Silva. e Ana Rodrigues. Está sepultada na Capela do Fundador do Mosteiro de Santa Maria da Vitória, ao lado do seu esposo.

A Escola Secundária D. Filipa de Lencastre, em Lisboa, foi batizada em sua honra.