Figlio secondogenito (ma unico maschio) del principe di Castiglia e León e d'Aragona, re di Navarra e futuro re della corona d'Aragona e di Sicilia, Giovanni II, e della sua seconda moglie, Giovanna Enríquez, Ferdinando era fratellastro dei re e regine di Navarra, Carlo IV (Solo de jure), Bianca (Solo de jure) ed Eleonora.